Segundo informações que tenho, a anodização confere maior dureza superficial, o que pode se tornar um problema se o alumínio precisar ser dobrado, pois poderia trincar.
Também, se for necessário soldar, a anodização precisará ser removida do ponto a ser soldado.
Nestes casos, é melhor deixar o material ao natural, porém sujeito a corrosão. Se bem que poderia ser anodizado depois.
O problema é que o pessoal que anodiza alumínio costuma pedir uma pequena fortuna para fazer o serviço. E cobra por quilo, como se fosse anodizar até o miolo.
O que pode acontecer é que, em aviação experimental, as vibrações e esforços envolvidos gerem pequenas trincas em perfis de alumínio que tenham sido dobrados. Neste caso a preocupação se justificaria.