Acruwer,
Acho que dar opinião demais na fase do projeto pode atrapalhar ao invés de ajudar, mas vamos lá:
Já que o Brenk comenta que pode ser dificil abrir as roscas nos eixos por causa do tratamento térmico, e fazer um furo direto na estrutura, além de arriscado, pois o furo pode - e vai - sair fora do lugar, furar com uma broca irá deixar o furo fora de tolerância e com certeza poderá ser bem dificil fazer os alinhamentos necessários...
A sugestão é fazer uma bucha onde o furo seja calibrado para o eixo, e esta bucha teria dois ou três furos para fixação com parafusos na estrutura...
Assim durante a montagem, você pode fazer (e deve) os alinhamentos da forma correta para que sua máquina fique bem alinhada...