Resposta certa.
É ainda pior com o eixo, se vc deixa as guias muito distantes, consequente mente, o "braço" de junção dos rolamentos será maior, como é neste braço que vc vai fixar o Z, vai acabar deixando o Z maior do que o necessário, incrementando todo o peso agregado...
Enfim, vai carregar 250Kg de algodão, quando poderia carregar 200 Kg de ferro.
Tem que lembrar que o Y, diferente do X, é um eixo "composto" pois ele vai carregar o Z...
A melhor solução é a de menor volume, eixo Y muito "largo" pode virar eixo Z "muito alto" , afetando a estabilidade, precisão, etc...
Claro que tem uma coerencia, não adianta diminuir muito a distância, basicamente 1/3 no Y deve estar de bom tamanho.
Ja no X a coisa é diferente, leva-se em conta a area de trabalho e o fato de não agregar outro eixo. Diria que o X é Inverso ao Z, pois é mais fácil comprometer um eixo X com uma distância pequena entre guias do que com uma grande.
Não esquecendo que é somente minha opinião...