Bem, vc ja descobriu sózinho essa particularidade mas é sempre bom lembrar.
Faça todas as configurações iniciais pelo assistente (stepconf wizard).
Depois de acrescentar qualquer linha manualmente nos arquivos, como o zerador e o joy, não use mais o assistente.
Ele ira apagar todas as entradas manuais.
A partir de então só modifique a configuração manualmente.
E crie sempre backup dos arquivos modificados!!!
Mas o tuto do Richard ta bem documentado e fácil, basta entender os caminhos (pastas) do linux.