Não diria que é um problema, pode ser uma vantagem se você quer alta resolução, por exemplo para uma mesa divisora para fabricar engrenagens ou polias sincronizadoras. De forma geral, na movimentação dos eixos de uma CNC, muitos pulsos por volta pode ser desvantajoso.
Não há um número mágico, porque depende do motor, depende da máquina (peso e inércia na movimentação, atritos de movimentação, velocidade esperada, reduções utilizadas, ...), depende da capacidade de seus drivers. Por isso, é mais expedito e é melhor testar em sua aplicação usual.