Não se esqueçam da "mãe terra", que tem um filho que se chama "gravidade" e que "puxa" tudo para baixo...
"SE" o motor de passo for relativamente pequeno, ou "SE" o motor de spindle for bem pesado, ou "SE" estiver configurado para muita velocidade e aceleração, ou "SE" o acionamento for de fuso e estiver sujo, ou "SE" a eletrônica não oferecer um bom desempenho na alimentação desse motor, ou ainda "PODE SER" um problema de arquivo, pode acontecer isso sim, com certeza...
Acho muito dificil ser uma configuração do programa de controle da máquina, pois o problema não existia e depois de um tempo apareceu do nada, mas claro que não descarto ewsta remota possibilidade.