Olá, vi que o negocio ta feio rs, bom pelo seu vide-o vi que não tem nem uma redução no seu motor, e você ta usando o eixo A como escravo do Y ( ou X) não sei como você fez a sua maquina, mais eu também tive esses problemas, só que no meu caso era os drivers não sincronizavam com o outro e não davam a mesma velocidade, ai testei um por um para ver qual era o que melhor sincronizava com o outro no e coloquei mais uma fonte. uma para cada dois motores. Eu também 4 motores para fazer o movimento da maquina.
Bom agora vou tentar te ajudar, vi que em steps por minuto vc deixou com 2000, qual micropasso vc ta usando? o que vc pode fazer e o seguinte.
coloca todos os driver em meio passo deixa a configuração em steps mm = 200 velocidade 600 aceleração 60 passo 5 direção 5 e testa eles fora da maquina, se rodarem lisos coloca eles de volta nela, não esqueça de ver o eixo que vc tem os dois motores estão sincronizados ( um deles tem que estar rodando na direção invertida para o mesmo caminho, já que estão espelhados) a maquina ira girar bem fora das medidas com os passos de 200, vc vai nas configurações e pede para o mach3 calcular para vc os passos certos , vai ficar em media de uns 22,1212100 agulma coisa, ai você aumenta os micro passos se quiser mais resolução.