Talvez, no meu caso, seja melhor usinar a mesa no final mesmo pq o MDF do tampo da mesa nunca será completamente plano oq pode me desnortear se for usar o comparador.
Claro, não se deve querer ser mais realista do que o rei ...
Tentar usar um relógio comparador em uma máquina como a sua induz à tentativa de obtenção de tolerâncias impossíveis de ser alcançadas em função dos materias, método construtivo, etc ... não faz sentido, exceto pelo aspecto didático, aprender a usar o instrumento, etc ...
Porém é possível obter um alinhamento geral bastante decente usando instrumentos simples, como réguas, esquadros, blocos, paquímetros ou até um bom nível mecânico e fio de prumo.
Eu gosto de lembrar que nem sempre dispusemos de instrumentos relativamente sofisticados como relógios comparadores, as máquinas e ferramentas de precisão de que dispomos hj nasceram de máquinas construídas com instrumentos e máquinas simples e sobretudo pela engenhosidade na utilização dos recursos disponíveis ... um exemplo que tb gosto de mencionar são as lentes e espelhos empregados em coisas como telescópios, os melhores espelhos e lentes são feitos (ou acabados) à mão, com tolerâncias da ordem de bilionésimos de milímetro ! E as ferramentas utilizadas chegam a ser ridículas de tão simples ...
Como nota mais prática: creio que a base ou mesa das máquinas é um tanto negligenciada em muitos dos projetos que tenho visto ... sem uma base robusta, suficientemente rígida e plana, todo o resto fica comprometido ... esta base pode ser apenas, no seu caso, algumas folhas de MDF pra obtenção de uma espessura generosa, coladas entre si sobre uma superfície bem plana, como o granito de uma pia. É inestimável a facilidade que algo assim proprociona para a construção, alinhamento, manutenção e operação da coisa, pra não falar na qualidade do resultado ... parece óbvio, mas ...