Nobre Acruwer...
Só para complementar o que eu já havia "palpitado", fui conversar com um torneiro fresador aqui perto de casa, onde já mandei alguns serviços.
Expliquei seu caso como se fosse meu.
Realmente os cortes tortos NÃO afetam a centralização da ferramenta de fresagem (fresa). Aqueles servem exclusivamente para facilitar o "agarre" feito pelo porta pinças que ocorre com o ajuste da porca.
No máximo, esses cortes podem desbalancer o conjunto porta-pinças, e não descentralizar a fresa (isso se o furo - conjunto - estiver centralizado).
Evidente que essa descentralização está diretamente relacionado com o furo que recebe a ferramenta de corte e a perpendicularidade da base do porta pinças com esse furo.
Isso conforme mencionado pelo nobre Fábio Camargo.
Acho que é isso, não se preocupe muito com os cortes, mas sim com o alinhamento do furo e a base do porta pinças, imagino que seja por ai o começo da resolução desse problema.
Portanto, isso além de ser "só a minha simplória opinião", é tambem o parecer de um profissional da área, coisa que não tenho a menor pretensão de ser.
Abraços.