Luis,
Se o fuso tem passo 5mm, e foi informado no programa estes mesmos 5mm, vejo a possibilidade de erro na geração do arquivo de corte.
Se o arquivo de corte foi gerado em "mm" através de um pós processador que gere em mm, e isso é fácil de verificar - basta abrir o arquivo de corte (que é um txt) e logo no cabeçalho deve estar alguma indicação, como "G21", que é a indicação para que o programa de controle funcione em mm, não vejo que o erro esteja aí...
Então nos resta uma ponta - a geração do desenho no CAD...
Alguns CADs fazem a brincadeira de deixar a área de trabalho em mm, mas geram o arquivo exportável em polegadas - e aí está um fator de redução que faz algum sentido (1/2,54)
Então, se um desenho deveria ter 100mm, aplicando-se o fator de escala (de mm para polegadas) teremos algo em torno de 39mm no final...