Blackmore,
Não conheço o problema detalhadamente, mas só jogando uma idéia no ar, se pretende usar um programa de controle, como um Turbocnc, emc2, etc, pense em "Tempo Reverso"...
É uma técnica de acionamento onde o cnc executa o percurso ajustando a velocidade conforme o comprimento dele, e não o contrário (normalmente a gente informa uma velocidade contínua (palavra "F" de feed rate") para executar um percurso qualquer independente do seu comprimento...