Eu escrevi la eu acho...
Eu uso o EMC2, muito mais rápido que o TurboCNC.
Para gerar os arquivos eu uso o próprio Eagle, nele eu configuro um Z de -0,3mm.
Ai eu vou la no EMC2, baixo a fresa até encostar, e zero o eixo Z ali.
Nunca tentei por outro programa pois gostei muito do Eagle.
Procure aqui no fórum, tem tudo que precisa para usar ele.
Abraço!