Esta pergunta é boa, vou responder com outra pergunta, qual a classe de precisão das guias e dos fusos que você esta usando?
entendeu?
Difícil vai ser chegar a isto
Bom vou contar com eu fiz para resolver este problema de alinhamento de guias sem esquecer do fuso, após fazer toda furação com uma fresadora de um colega daqui da esquina, buscando a referencia sempre do centro da peça e não da extremidade segui o seguinte passo:
Aparafusei um guia por completo, deixando ela totalmente fixa, montei o conjunto, como se tudo fosse funcionar, dai apertei o primeiro parafuso de uma extremidade da segunda guia, "aque estava só fixada", segui movimentando o pórtico até a outra extremidade para levar a relação até ela, apertei o parafuso da outra extremidade, e o resto foi facil, bastou apertar todos os parafusos, lembre de usar trava rosca de referencia o vermelho, e das arruelas de pressão.
O truque esta em usar um pórtico para alinhar o outro, pois tudo no sistema de alinhamento é relativo... e Como uma camarada meu sempre fala o resto é psicológico, capisce!?