Vladimir,
Não seiu se eu entendí o que voce quer dizer com duas mesas, eixo ewscravo etc, mas talvez eu possa te alertar sobre algo que me passou pela cabeça:
O Mach3 ou o EMC não fazem processamento simultaneo - isso é coisa de comando muito sofisticado e com processadores dedicados.
O que voce pode fazer para agilizar um pouco as coisas é como se faz em centros de usinagem de alta produção - usa-se duas mesas, e em cada uma se faz uma série de usinagens ou operações, mas entenda que são casos mujito específicos, como por exemplo uma peça com usinagens dos dois lados do material.
Numa mesa se faz um lado, e na outra mesa se faz o outro lado - quando a máquina está numa mesa trabalhando, o operador troca de material a outra mesa - é como se fossem duas máquinas trabalhando alternadamente, mas na mesma estrutura.