Manoel,
No caso específico de se usar um scanner de toque como o que você quer fazer, o Rhino é um programa de desenho em 3d relativamente simples de usar e potente, e pode ser usado de duas formas: ou criando-se os desenhos em 3 dimensões caso sua necessidade sejam peças em 3D, ou para servir de "trampolim" onde por exemplo você importa a "nuvem de pontos" que sua máquina gerou, manipula esta nuvem e a transforma em sólido e a exporta em algum formato compatível para a conversão em código-G...
Para converter um arquivo de desenho 3D em codigo-G, pode-se usar alguns programas como ArtCam, Visual Mill, PowerMill, etc...
A extensão "*.cnc" é uma mera formalidade, já que o arquivo é um arquivo de texto puro (ASCII) e os programas de conversão já geram a extenção desejada...