Guga,
Este é um dos problemas mais chatos de resolver, porque está ligado a folgas dos eixos e a um comportamento comum dos programas de controle.
Quando a máquina precisa mudar de direção há uma parada momentânea, e nesse momento a fresa que ainda está sob esforço de corte continua cortando na direção que vinha vindo, mas por causa das folgas e de um fenômeno chamado "precessão" faz com que a fresa "puxe" o material em uma determinada direção diferente da que vinha vindo, e se a fresa está em boas condições de corte, o estrago está feito...
Não há uma solução muito simples a ser adotada, a não ser usar um sistema realmente eficiente de "zero-folga" e um programa de corte que compense as velocidades de avanço de forma real, e isso quem faz é um sistema chamado "Velocidade Constante"...
A saída aí para você é usar velocidades de corte bem mais comportadas, pois a grande maioria dos programas que usamos não fazem esta compensação de forma eficiente...