Guga,
Numa diagonal (subindo), o esforço é cada vez menor, concorda?
Nua interpolação, os motores precisam sair da velocidade "zero" até a máxima para aquele percurso, e depois frear até zero e inverter o sentido de rotação, e repetir tudo isso...
O problema é que uma fresa de 6 mm enfiada 2 milimetros num material como aluminio absorve um saco de potência do motor da ferramenta, mas principalmente oferece um monte de resistência ao avanço, e é aí que você tem um problema - falta de torque para esta condição...
Experimente diminuir bem a profundidade de corte, pois acredito que vai funcionar direito nas interpolações...
Alterar as acelerações não vai adiantar muita coisa, pois estas são grandezas que influenciam na capacidade dos motores acelerarem e frenarem, mas não nos esforços que devem enfrentar...
Não é porque deu certo sair cortando com JOG que vai funcionar em todas as ocasiões, tenha certeza...
E estou curioso para saber como que você sabe que quando em JOG estava em exatos 2 metros/minuto, já que JOG usa G00, que é velocidade máxima - a não ser que você tenha limitado G00 em 2 metros/minuto - aí tá explicado