Acruwer,
Creio que é uma questão de encontrar um programa que resolva os problemas de geração dos desenhos apenas, isso se não resolver com uma programação "na unha" em alguns casos...
Independente se está usando EMC, Mach3, Kcam, TCNC ou qualquer outro, creio ser apenas uma questão de configuração, mas na verdade o que manda mesmo são os arquivos, que devem comandar os eixos que existem no sistema - só isso...