Boa noite Silas,
Bom, como não sei de qual software controlador estamos falando, minha resposta vai ser bem genérica... Na maior parte dos controles (talvez isso seja uma regra, mas não sei...), a máquina obedece uma sequencia lógica de referenciamento dos eixos... 1° eixo Z, depois, Eixos X e Y, por último os eixos rotativos, A, B, C. Partindo dessa premissa, mesmo seu eixo A estando interligado com o X, ele será referenciado somente após o eixo X tocar/acionar o fim de curso... sobre a questão de ter somente 3 entradas para interruptores de fim de curso, isso não é problema... você pode ligar o fim de curso do A em série com um dos outros fins de curso e nas configurações do programa, informar o mesmo pino para ambos os eixos.
Att.
Adilson