Oi, Fernando.
O eixo Z é o que suporta o spindle ou fresadora, e é ele que vai abaixar (sentido vertical) para que a ferramenta corte o material. Normalmente ele tem o curso menor porque as fresas não têm o comprimento muito grande, e as peças usinadas normalmente são baixas. Se vc quiser fazer o eixo Z com 200mm não tem problema algum, mas talvez vc nunca use essa dimensão. Porém, vai depender do que vc vai querer usinar.
A altura útil é aquela que realmente será avançada pela ferramenta, porque às vezes o eixo Z tem guias e fuso de 150mm mas ele só se desloca 110mm, devido à porca, rolamentos lineares, etc. Então, o deslocamento útil do eixo Z será de 110mm.
Abraço.
Jorge