Villas, boa tarde.
Não sei se vc conseguiru ainda resolver seu problema de estanqueidade, porém vou te dizer um negócio. Para vc fazer uma vedação razoável em madeira, em primeiro lugar vc deverá colocar tecido de fibra de vidro adicionado com epoxy (araldite ou ainda cola epoxy para aeromodelismo (34,00 1/2 kg). Depois de secar muito bem (por exemplo use cola 30 minutos e deixe secar ou curar) por 24 a 36 horas. Todos os cantos internos da caixa deverá ser reforçados com massa para calafetar sendo que a sobra lateral deverá possuir pelo menos o dobro da espessura da madeira (para evitar movimentos. Quanto à tampa, recomendo que ela também seja revestida com o tecido e com epoxy pelo menos na parte interna, inclusive na moldura onde o vidro vai apoiar. para colar bem o vidro no local, recomendo uma fita de betume (manta asfáltica) aquecida até o ponto de grude. Neste momento voce coloca o vidro e mantem ele no local com um peso, para que ele se cole por igual. aí é só colocar mais uma tira de manta, à volta toda, aquece-la e aparafusar sarrafinhos no contorno da janela. Bem, o menor dos problemas nós já resolvemos. o pior vai vir agora, que é a vedação externa da tampa. Ela tem que ser como tampa de panela de pressão, de dentro pra fora para pressão positiva e de fora pra dentro com pressão negativa (vácuo). Diz o que vc acha e tenta imaginar minha proposta. fiz isso em uma caixa estanque de mergulho e funcionou muito bem, a água tem uma capilaridade ferrada.