Villas,
Se posso dar um chute, acho que pode ser um problema simples de entender, mas chato de resolver...
Acho que pode ser "flexibilidade" de certos elementos da caixa.
Por exemplo, a tampa é relativamente "fina" e flexível, e quando o vácuo é aplicado, ela se deforma, apóia nas abas sem a borracha de vedação, e o "causo" está feito...
Outro detalhe pode ser que há falta de vedação nas juntas, ou mesmo o material que é de certa forma, poroso...