Camarquesi.
Seja muito bem vindo.
Sobre a transformação para CNC, já existe aqui mesmo no forum colegas que fizeram essa automatização nessa mesma "maquininha", basta usar a ferramenta de busca e irá encontrar mais informações.
Não é difícil, ao contrário, imagino que tendo toda a parte mecanica já pronta, o restante é apenas um pouco de criatividade.
Depois de você criar o desenho, você deve transformá-lo em linguagem de máquina (CNC), ou seja, gerar o código "G" desse desenho.
Muitos aqui usam o ArtCam (pago e muito caro) para desenhar e gerar o código, acho que é o mais popular, mas outros fazem o mesmo serviço, como por exemplo o "sketchup" da google (grátis).
Depois de desenhado e gerado o percurso, você precisará de um outro programa que rode (leia) esse código e faça a máquina funcionar.
Aí sim o Mach - Win (2, 3 - pago) será uma das várias opções.
Entre outras temos o Turbo CNC - DOS (grátis) e o EMC2 - linux (grátis).
Espero que tenha lhe ajudado. Pesquise, que temos tópicos sobre todos os assuntos perquiridos por você.
Abraços.
Rubens