Eneias, como seria essa ideia do encoder? Não entendo muito dessa parte de eletrônica aplicada à usinagem. A questão de travar a placa eu me viro. Essa solução para mim seria fácil.

A ideia seria como um Visualizador Digital que auxilia no posicionamento dos eixos , se vc tivesse um poderia ligar o encoder direto no visualizador digital.
Voce posicionaria manualmente olhando o valor do digital e quando no angulo que vc quisesse  travaria o eixo na posição (voce faria a vez do arduino ou cnc e travaria o eixo quando dentro da posiçao)
Se você não tiver um digital , eu usaria um computador com o linux CNC e ligaria o encoder direto na porta paralela , e configuraria como feedback de um eixo rotativo somente para visualização !

Outra opção vi agora no Ebay , um visualizador digital junto com encoder, não sei o preço mas só o encoder é barato , porem somente com 400 divisões, mas com uma redução acredito ser suficiente.

http://www.ebay.com/itm/Encoder-400P-R-Incremental-Rotary-Encoder-AB-2-phase-6mm-Shaft-5V-24V-W-coupling-/141540007497?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item20f4711e49