Não existe bem uma receita de bolo, mas sim um bom senso...

Supondo que o corte (ou operações) sejam alinhadas com alguma face da peça - de preferencia a parte mais longa como uma lateral, usa-se esta lateral alinhada a um eixo da máquina e na mesa dela cria-se um gabarito de apoio que garanta que quando a peça for movimentada que esta mantenha-se alinhada como antes.

Gera-se dois (ou mais) arquivos de corte que usem como base algum ponto de referencia na peça, depois é só usinar o primeiro arquivo, mover a peça, usar o segundo ponto de referencia e usinar o proximo arquivo e assim sucessivamente.