Amigo, tenho um Nardini Logic 195II com MCS SX570, tive alguns problemas com a perda de referência, cada vez que ligava a máquina a mesma buscava uma posição diferente...
Bom mas no seu caso pode ser os drives do acionamento do eixo "X" e "Z", mas como disse que as vezes é um e depois de vez enquando é o outro, então acredito q é o cnc mesmo, o pessoal da Versatronic são bons, troca uma idéia com eles na possibilidade de ser alguma "zica" na cpu do cnc. Caso queira tem um pessoal tb mto fera em torno Nardini fica em Americana-SP a empresa se chama Sypo automação procura o Robson 19 34064854