José Carlos,
Se posso sugerir, procure simplificar ao máximo o uso das saídas...
Por exemplo eu uso um relé convenientemente acionado por um bit que liga ou desliga o motor de "spindle" através de um código auxiliar (M03 liga, M05 desliga), e como se trata de um motor de indução comum, não me preocupo com o sentido de rotação...
Apesar de ter drivers independentes, uso apenas um bit para habilitar/desabilitar os drivers ao mesmo tempo...
Se não me engano, os pinos de 15 a 18 num conector CENTRONICS não são conectados na outra extremidade, num conector DB25, portanto não podem ser usados...
Como sugestão para "parada de emergencia", poderia usar o pino 1 da CENTRONICS (que é 1 na porta DB25 também) e é quase que uma convenção usá-lo para esta função...
Pode usar os pinos 10, 11, 12, 13 e 32 (centronics) para "sinais de entrada", sendo que um pino pode ser usado para todos os finais de curso, e ainda sobrom 4 pinos para sensores de "home"...
Se forem de fato 6 eixos, creio que uma segunda porta paralela deva ser usada para ter mais folga