Eduastube,
Pode ser umn problema do Turbocnc, mas acho difícil, pois faço parte do grupo de discussão do Turbocnc, e nunca ví ninguém falando disso nesse tempo todo que uso o programa...
O maior arquivo que eu tenho é de 12500 linhas e não dá menhum tipo de problema.
Pode ser que aqui não aconteça, porque uso o DOS original versão 6.22, mas achoi difici ser isso, pois conheço gente que trabalha em DOS7 (do W98) sem nenhum problema...
Se o autoexec e o config.sys estiverem realmente limpo, não deveria dar problema nenhum...
Experimente não entrar em modo de segurança mas só no prompt do DOS...
Se posso dar uma opinião, faça um teste:
Divida o trabalho em etapas menores - gere arquivos pequenos e rode um sem sequencia do outro...