Paulo,
Este ponto pode ser fixo, ou pode ser variável - conforme cada trabalho...
Faço mais ou menos assim:
Posiciono o trabalho na mesa, aproximo a ferramenta de um canto da peça e "toco" a ferramenta através das teclas de JOG...
Normalmente uso o canto inferior esquerdo da peça para usar de "zero, e este é também a referencia que uso no desenho...
O zero para mim é a face de cima do material, pois normalmente crio os movimentos em "Z" negativos...
Voce também pode criar um ponto quanquer na superficie da mesa, a uma distancia conhecida, mas sempre lembre-se de alterar as referencias na janela de Status do programa, e lembre-se a altura do "Z", que agora estaria "na mesa"...