Creio que primeiro voce precise entender certos conceitos para então enxergar as alternativas ao seu redor.
Provavelmente este seu controle de máquinas deverá aceitar e entender arquivos de corte em formato de máquina cnc, que se chama "código G".
No arquivo de corte estão contidos comandos e informações do que a máquina deverá fazer isto é, para onde os eixos se moverão.
Posto isso, o programa de controle de máquina deve ter uma parte de configurações, onde se diz ao sistema quais os comportamentos que a máquina deverá ter e seus ajustes de deslocamentos, velocidades etc. - se esta parte estiver de acordo, o caminho lógico é:
- gerar o desenho que se pretende num programa CAD qualquer, mas que seja capaz de gerar arquivos compatíveis com os geradores de arquivos de corte - por exemplo, que seja capaz de gerar arquivos em DXF, DWG, EPS etc
- depois de gerados e exportados nos formatos que seu programa conversor entenda, converter o arquivo desenho em arquivo de corte.
- enviar o arquivo de corte para o controle de máquina e executar
Suas perguntas acima demonstram que voce está meio perdido - deverá estudar e entender como seu programa de controle funciona para então gerar arquivos que funcionem corretamente