Se vc insistir no particionamento, pode fazer de duas maneira:
1- sem formatar, com sistema já instalado (acho que é seu caso)
Primeiro deve desfragmentar o Hd, pois estes programas precisam de área livre, sem dado algum, para poder criar o novo formato. Funciona Bem com micros novos, onde o sistema esta exuto, com pouca tranqueira instalada.
2-HD zerado;
Faz as partições, que serão formatadas automaticamente, depois instala os programas.
A ordem de instalação neste caso não importa tanto, vai funcionar do mesmo geito. É lógico que se vc usou alguma versão linux pra fazer as partições, seria coerente instalar o linux primeiro,(por que ja esta rodando), mas se fizer isso, o linux não vai detectar os sistemas instalados, e não vai criar o "menu de inicialização", onde vc escolhe qual sistema deve funcionar no momento do boot.
Sugiro, neste caso de HD vazio, que intale o Vista, entra no linux, faz outra partição pro win 98, sai do linux, intala o win 98 na nova partição, faz uma nova partição , agora pra Linux, dai instala o Linux.